根据政府职能的内涵界定，政府职能必然是一个不断发展变化的历史范畴，即使是对同一国家来说，在不同的历史发展阶段或同一历史发展阶段的不同时期，其政府职能的重点、内容、范围和行使方式也可能有所不同。由此推知，在我国各级政府纷纷建立门户网站并逐步推行电子政务的新的历史发展阶段，行政环境的变化、职能重心的转移、服务职能的拓展、政务运行机制和治理方式的变化，以及由此引发的政务流程再造、组织结构调整等等，这一切必然要求政府用新的知识、新的思维和新的办法来配合变革，必然要求政府职能做出适应性转变，以适应新形势下的国家和社会的发展要求。
从理论上讲，科学的政府体制改革应表现为人员精简、机构调整、职能转变、绩效管理等要素的系统推进。但现实情况是，不同的要素在不同的社会条件下呈现出优先发展的必要性。从1992年正式提出建立社会主义市场经济，我国政府体制改革的重点就是政府职能转变.电子政务建设要良性发展并取得成效，必须有政府职能转变提供条件保障。
从实践上看，信息技术作为一种新的科学技术，是第一生产力。电子政务是信息技术和政务活动紧密结合的产物，其建设和发展必然要涉及生产关系的变革和上层建筑的完善等问题。随着信息社会的来临，政府管理所依赖的主要资源从物产转向了信息，信息的获取和利用程度成为其发展社会生产力的“瓶颈”问题，政府要解决这一难题，就必须依靠先进的管理技术和手段，还要对现行的与生产力发展不相适应的行政体制和组织实行变革，实现职能转变，这样才能从根本上解决问题。
综上，我们寻求以电子政务建设为切入点促进政府职能转变，而每一个电子政务项目建设都会涉及到对职能运作程序的梳理、流程流经部门权力的整合、利益的分化、跨部门的合作等问题，这必定会对政府职能转变提出新的需求。可以肯定地说，政府职能转变的力度将最终决定电子政务建设的程度。
（一）科学配置政府职能，整合组织结构
政府职能的选择和定位，是行政管理的前提、行政组织建设的依据和行政运作的规范。它明确地规定了政府应该做什么，不应该做什么。我国早在由计划经济向市场经济转轨时就提出了行政改革首先要转变政府职能，由以行政手段配置资源的“全能型”政府转变为市场经济状态下的宏观调控、社会管理和公共服务上来。这种职能的转变也是电子政务实施的一个前提，当然，还有更多的职能要求。
第一，要树立“科学管理，优质服务”的职能意识。电子政务的建设都是基于网络平台运作的，由于网络具有的开放性、技术客观性等特点，能使政府实施的管理科学而高效，能为公众提供优质而快捷的服务。同时，服务内容的更加不确定，也必定首先要求政府必须科学配置其职能，杜绝越位、缺位、错位等职能不清的现象，试图建立一个有限政府，使电子政务承担起政府的公共服务职能，为公众提供优质高效的信息和公共产品服务，帮助政府树立在公众心目中的诚信形象。
第二，在行政系统内部，要按照精简、统一、效能的原则，重组政府的组织结构，合理界定和划分政府各部门的职责权限，加强管理和服务的有效性。一些行政职能是由多个机构和部门合作承担的，这就需要跨机构和跨部门合作，于是，就涉及到如何重新整合政府组织机构和分配行政权力的问题。这部分职能电子化实现的前提要求打破原来各个组织和部门之间的信息壁垒，打破条块分割、各自为政的局面，实现行政组织的高效运转和权责配置的科学合理。在电子政府状态下，每个行政组织和部门都是政府统一网络中的一个节点，要按照统一规划进行信息流动和信息共享。这就意味着对电子政务流程流经的诸个部门的各种垄断权力的剥夺和对其权力的重新分配，因此必然会影响到它所依靠的通过权力而得到的既得利益，对政府流程再造和组织结构调整提出了要求，需要改变我国长期以来一直实行的金字塔型的组织结构及其运作模式，使组织结构逐渐呈现分散化、知识化、扁平化的发展趋势。
同时，还要进行科学的权责配置，主要包括不同行政层次之间的纵向权力关系，行政职能部门之间的横向权力关系，行政领导体制、职能部门与本级政府及上级对口业务部门之间的权责关系等。一方面，在中央与地方之间分权，表现为地方政府承接了中央政府下放的若干权力如项目管理权、法规制定权等，扩大了自身权力范围；另一方面，在政府内部层级之间分权，主要表现为压平层级，授权一线。电子政务的实施为行政权责体系的划分和确定提出了不同于传统的要求，其关键在于如何使之成为一个协调一致的系统，以提高政府管理的透明度和对行政权力的制约度。可以确信的是，未来的行政组织应该是弹性化的、整合的、透明的组织，为公众提供整体性服务的组织、跨功能的组织、与社会有广泛联系的组织。
